重複投保所重複繳納之保險費，投保單位或被保險人得於發生重複繳納保險費之日起五年內向所屬健保轄區分局申請退還，逾期不受理。 第一至三類被保險人須檢附繳費證明及相關加、退保資料，透過不必投保卻重複投保的投保單位向所屬健保局轄區分局申請核退保險費，經健保局審核屬實後，於計算保險費時一併結算。 第六類被保險人須檢附繳費證明及相關加、退保資料，向不必投保卻重複投保的鄉（鎮、市、區）公所申請轉出（退保），寄至健保局轄區分局申請退費。